Rok 1915 je pro AFK Vršovice doslova katastrofální. Ani ne tak pro výsledky na trávníku, ale z důvodu politických. Probíhá totiž první světová válka. Vedení AFK rozhodlo o tom, že první mužstvo odstupuje z II. třídy mistrovství Prahy, i když bylo považováno za favorita. A to z jednoduchého důvodu.
Celkem 17 hráčů klubu muselo narukovat do války, kde jich potom i pět padlo (Goldbach, Novotný, Bruner, Mašata, Kott). K nim se přidal i klubový a svazový funkcionář Bulvas. Mužstvo bylo částečně doplněno hráči z rozpadlé Olympie Karlín.
Dne 20. června téhož roku vzniká v klubu komise pro dorost, které předsedá J. Honejsek. Činnost dorostu je pak zahájena pod vedením Kováře a Žížaly. A tak alespoň ve zlých časech 1. světové války mohl klub najít velké posily pro budoucí první mužstvo, které si mohl vybírat ve svých vlastních řadách. Byl tak postaven základ budoucí slavné tradice ve výchově mládeže.
Je velmi paradoxní, že během probíhající války, kdy mnoho hráčů muselo narukovat, se dostavuje první velký úspěch pro vršovický klub. V roce 1916 se hrál poslední ročník Poháru dobročinnosti, ve kterém však nestartovala pražská Slavia. Hráči Vršovice si vedli velmi dobře, vyhráli skupinu (porazili Čechii Smíchov 8:1, a SK Smíchov 5:1), ale ve čtvrtfinále podlehli pozdějšímu vítězi Viktorii Žižkov 2:7.
Avšak pro poražené čtvrtfinalisty byla nově připravena soutěž o tzv. Pohár útěchy. Zelenobílí výhrami 7:3 nad Meteorem VIII a 3:1 nad Unionem Žižkov tuto trofej získávají. AFK Vršovice tím vyhrávají první cennou trofej do své pozdější bohaté sbírky. Bohužel to byl poslední ročník Charity Cupu vůbec (viz obr.).
V roce 1917 dochází k rozpuštění ČFS. Český fotbal začal být řízen z Vídně. I. třída mistrovství Čech se nevydařila, ale dvě skupiny II. třídy byly dokončeny v pořádku (odehrály se všechny zápasy). AFK Vršovice byl v sudé skupině, kde však skončil čtvrtý, těsně za postupovým třetím místem.
Do tohoto roku patří i první dva mezinárodní zápasy klubu. Nejprve na hřišti Sparty na Letné, vršovičtí prohrávají s vídeňským FC Floridsdorferem 1:4 a poté doma v Ďolíčku s dalším rakouským klubem SC Simmeringerem 1:3. Dochází také ke stavbě kabin a úpravě hrací plochy hřiště.
Místo rozpuštěného ČFS vznikl prozatímní výbor, jenž měl za úkol vytvořit novou ústřední organizaci. Jeho členem byl i AFK Vršovice. Poslední mistrovskou soutěží za Rakouska-Uherska bylo mistrovství Středočeské župy, které bylo odehráno v roce 1918. Tento rok totiž došlo k obnovení činnosti ČSF a v jeho rámci došlo k vytvoření osmi fotbalových žup. Středočeskou župu zakládalo 12 klubů, mezi nimiž byl i AFK Vršovice. Ten byl pak s dalšími sedmi kluby zařazen do I. třídy, kde se umisťuje na vynikajícím třetím místě za Slavií a Spartou. Zelenobílí se též zúčastnili turnaje na Letné, kde poráží Spartu 2:1 a umísťují se též na třetím místě za Slávií a žižkovskou Viktorií.
V novém ročníku Středočeské župy, hraném již v samostatném Československu, dopadli zelenobílí poněkud hůře. Skončili šestí z devíti mužstev.