Německá okupace a druhá světová válka dusí vše. Přesto je ve Vršovicích alespoň trochu veselo z návratu klubu do nejvyšší soutěže – Českomoravské ligy. Vstup do první ligy po pětileté přestávce je vcelku úspěšný a Bohemians obsazují pátou příčku. Dokonce se podaří porazit Spartu na jejím hřišti 4:1. Do klubu také přichází noví a perspektivní hráči. Problémem je pro Němce název klubu. Bohemians jim zní příliš anglicky, a tak je oddíl nucen zkrátit název na AFK Bohemia.

Od sezóny 1935 – 1936 začíná nejdelší pobyt Bohemians v nižší soutěži. Tehdy to byla divize (na úrovni dnešní druhé ligy, ale rozdělena do několika oblastí). Přicházejí finanční problémy spojené s úbytkem diváků, a proto se pořádají různé akce, včetně slosovacích. Nic však nepřináší očekávaný přínos. Navíc klub postihuje nečekaná ztráta, kdy mužstvo opouští K. Bejbl a navíc navždy ztrácí svého předsedu a hlavního sponzora Z. Dannera, který nečekaně umírá 13. 6. 1936.

V sezóně 1932 – 1933 zabírají Bohemians v lize 6. příčku. Nejlepším střelcem ligy se stává Gejza Kocsis s 23 brankami, z nichž 15 vstřelil za vršovický klub a zbytek po přestupu za Teplitzer FK. Liga má deset týmů, v tom jsou dva celky z Plzně, Náchod a Teplitzer FK jako mimopražské.